En le admin de tu tienda Magento ve a Ventas > Impuestos > Manage Tax zones & Rates y Agregamos un nueva Tasa de Impuesto.

 

En mi caso definí mi tasa de impuesto que sea del 6% sobre el producto.

 

Ahora debemos ir a crear una Regla de Impuestos en donde diremos a que cliente, clase de impuesto al producto y tasa de impuesto según el país en particular aplicaremos la regla. ve a Ventas > Impuestos > Gestionar Reglas de Impuestos y configuramos nuestra Regla de Impuesto.

 

En mi caso la configuré como se muestra en la imagen.

 

Estamos listos, ahora puedes ir a hacer un test en tu carrito de compras y comprobar que tu nuevo impuesto esté siendo aplicado sobre los productos.